Вперше питання щодо збереження тіла М.І.Пирогова і перетворення його будинку в музей було порушене на початку 1920-х років Вінницьким науковим товариством лікарів на чолі з доктором медичних наук М.М.Болярським.
Активно обговорювали ці питання також учасники 1-го Всеукраїнського з'їзду хірургів (1926). Професори М.М.Болярський та І.І.Греков, які відвідали садибу Вишня, у представлених з’їзду матеріалах зазначили, що М.І.Пирогов належить «всьому … Союзові», але саме на долю України випала велика честь зберігати його останки. Настав час, – йшлося далі, – прийти на допомогу Товариству Вінницьких лікарів, щоб запобігти подальшому руйнуванню тіла вченого і «зберегти для майбутніх поколінь дорогі реліквії батька … хірургії». Підтримку і розвиток ці пропозиції отримали на засіданні Російського хірургічного товариства ім. М.І.Пирогова (1926), на якому з промовою «Про останки Пирогова» виступив І.І.Греков. На 2 Всеукраїнському з'їзді хірургів (1928) ці пропозиції прозвучали у промові «Про збереження могили Пирогова» професора М.М.Волковича.
Восени 1928 р., вперше після поховання, в усипальниці М.І.Пирогова на кошти, виділені Наркомоздоровом України, був проведений невеликий ремонт. Однак питання про створення музею в садибі Вишня залишилось відкритим.
З нагоди 125-річчя від дня народження М.І.Пирогова, професори Вінницького медичного інституту М.М.Болярський і Г.М.Гуревич знову наголосили, що «Пирогов належить не тільки тій країні, де він народився. Він належить світовій хірургії, і справа честі наших хірургів, прямих спадкоємців М.І.Пирогова, увічнити його пам'ять. «Кращим» пам'ятником Пирогову, – писали вони, – стане створення в будинку, де він жив, музею історії хірургії».
Впродовж 1939-1940 рр. Наркомоздоров України і українське відділення Пироговського товариства лікарів неодноразово порушували питання щодо створення у Вишні меморіального комплексу вченого.
Сюди прибули фахівці, які оглянули останки М.І.Пирогова і усипальницю. Основні роботи з відновлення тіла М.І.Пирогова були заплановані на літо 1941 р., проте реалізації плану перешкодила війна.
27 жовтня 1944 р. з ініціативи воєнних медиків після звільнення України від німецько-нацистських окупантів, було прийнято урядове Розпорядження «... організувати в садибі Пирогова М.І. музей його імені і вжити заходи щодо збереження останків Пирогова М.І.».
Прийняття такого Розпорядження під час Другої світової війни особливо свідчило про заслуги М.І.Пирогова як основоположника воєнно-польової хірургії. «Він своєю спадщиною, – підкреслював академік Ю.І.Смирнов, – немало зробив для медичного забезпечення бойових дій військ в ці роки».
Члени комісії з організації музею 18 листопада 1944 р. встановили, що труна з тілом М.І.Пирогова знаходилась на межі руйнування, садиба занедбана, неймовірно захаращена, будинок Пирогова напівзруйнований, церковна огорожа зруйнована і замінена колючим дротом. Тоді ж був розроблений план відновлення тіла М.І.Пирогова, а також проектно-кошторисна документація на реставраційно-відновлювальні роботи і організацію експозицій.
У травні 1945 р. до Вишні прибула ще одна комісія, члени якої мали провести першочергові роботи щодо відновлення тіла М.І.Пирогова.
Комісія відзначила, що тіло М.І.Пирогова мало в повному розумінні слова «жахливий вигляд». В результаті тривалої, наполегливої роботи вчені відновили його зовнішність, значно уповільнили процес розпаду тіла. Роботи продовжувалися впродовж п'яти місяців. Це було перше ребальзамування, проведене через 64 роки після смерті Миколи Івановича. Одночасно виконувалися ремонтно-реставраційні роботи в будинку вченого і його садибі.
Урочисте відкриття музею відбулося 9 вересня 1947 р. Саме цього дня, 100 років тому, М.І.Пирогов вперше в світовій історії війн застосував на полі бою ефірний наркоз як знеболюючий засіб при хірургічних операціях.
